Consultada sobre el proyecto de modificar la conformación de la Corte Suprema de Justicia presentado por un grupo de gobernadores, Peñafort opinó que se trata de "una iniciativa digna de atención y de estudio porque hay un hecho innegable: la Corte no está funcionando como es debido justamente por quienes la integran hoy". Además, sostuvo que la federalización le aportará a la institución una serie de elementos que le permitirán comprender con mayor especificidad las realidades locales, y ejemplificó su punto con la discusión en torno a las retenciones.
"No olvidemos que los miembros de la Corte dejaron prescribir la posibilidad de accionar delitos de lesa humanidad como el tema del ingenio Ledesma. Uno puede estar a favor o en contra de los fallos de la Corte; lo que no puede hacer es atribuirse competencias de otros órganos como vimos en el caso del Consejo de la Magistratura, donde revivieron una ley derogada, algo que en primer año de Derecho te dicen que sólo es facultad del Congreso de la Nación. Entonces, si están dispuestos a actuar como el Congreso, que tengan representantes de todas las provincias, me parece una cuestión de justicia".
Otra de las cuestiones sobre las que opinó la abogada fue la Causa Cuadernos: "Lo de Centeno es increíble y muy grave. No sólo hubo gente presa por esos cuadernos que nunca fueron peritados, sino que además elevaron la causa a juicio. Todo el arco periodístico cuestionó el sistema utilizado: sabemos que Stornelli y Bonadío procesaban a las personas con amenaza de cárcel para que dijeran que lo que estaba en esos cuadernos era cierto. Quiero ver qué es lo que van a declarar ahora quienes se declararon como 'arrepentidos'", advirtió Peñafort, y definió lo de Centeno como un "armado judicial" destinado a involucrar a determinados actores como funcionarios del kirchnerismo y empresarios de la construcción.
También sentó su posición sobre los dichos del juez Carlos Rosenkrantz: "Hace poco escuchamos al vicepresidente de la Corte denostar al peronismo. A mí no me preocupa, puede no gustarme pero no me preocupa. Pero si vos no creés que detrás de cada necesidad hay un derecho, ¿qué hacen quienes tienen reclamos por derechos ante la Corte?".
En relación a la carta de Matías Kulfas (ministro de Desarrollo y Producción saliente), dijo: "Si un funcionario cree que algo se está haciendo mal, debe avisar a sus superiores y parar el proceso; la denuncia posterior no sirve de nada, casi parece una excusa para justificar por qué te fuiste. Creo que cuando alguien está frente a una irregularidad tiene que cumplir con la ley que nos ordena a los funcionarios públicos denunciar judicialmente; denunciar ante la prensa no es lo mismo".
